Los Jesuitas presentaron a la Real Audiencia sus credenciales y “El 27 de Septiembre se admitió por la Audiencia la Real Cédula y se fundó el primer Colegio.
Se iniciaron clases con 70 estudiantes y pronto llegaron a ser 100. Las primeras cátedras eran de Gramática Latina, con lo que se daba comienzo al ciclo académico de Gramática, Letras, Humanidades, Artes (Filosofía) y Teología. El P. Dadey fundó la cátedra de lengua Muisca.
A mediados de 1605 llegó a Santafé el P. Diego de Torres nombrado Viceprovincial del Nuevo Reino, con cinco Jesuitas, entre ellos los Padres Martín Vázquez y Juan Antonio Santander.
Puso en el Colegio de la Compañía a dos Jesuitas como Lectores de Latín y a otro para leer casos de conciencia (algo de Teología Moral). En 1607 el Colegio contaba con once Sacerdotes y cuatro Hermanos Coadjutores. En 1608 se iniciaron las clases de Artes o Filosofía. El nuevo Viceprovincial, P. Gonzalo de Lyra, menciona cien estudiantes que han cursado y resultado buenos latinos y retóricos.
En 1612 llegan nuevos misioneros traídos de España por el P. Luis de Santillán, lo que permitió abrir el curso de Teología Escolástica, Metafísica y Teología Moral. Esto constituye al Colegio de Santafé también en Colegio Máximo de la Compañía en cuanto allí estudiarán en adelante Filosofía y Teología los estudiantes Jesuitas para su Ordenación. El primer Profesor de Teología fue el P. Antonio Agustín. Entre los primeros estudiantes de estas lecciones estaba San Pedro Claver, llegado a Santafé en 1610.
En 1613 inició su rectorado el P. Luis de Santillán, de 70 años y se encargó de la cátedra de Teología.
En tiempo de este Rector, la Comunidad Jesuita contaba ya con 35 miembros: 19 sacerdotes, dos escolares, 11 Hermanos y 3 Novicios.
El Rector del Colegio, P. Baltasar Mas Burgués, el 13 de Junio de 1623 presentó a la Real Audiencia los documentos que autorizaban al Colegio de la Compañía en Santafé a conferir grados de Artes y Teología. Presentó también las constituciones y reglas de lo que sería la Academia para estudios universitarios. Así nació la Universidad Javeriana. Se otorgaron los grados de Bachiller en Artes (Filosofía) y Teología a los que habían ya terminado sus estudios de estas ciencias en el Colegio de la Compañía.